リニア新幹線の工事の「ボーリング調査」をめぐり静岡県と山梨県で意見が対立している問題で、５月１５日、川勝知事は「礼節を欠いていた」と述べた。
山梨県側で進む「ボーリング調査」をめぐっては、ＪＲ東海が県境から「３００メートル以内」の区間を「慎重に掘り進める」とした上で、流れ出た水の量が基準を超えた場合は中止すると説明してい た。県は１１日、流出した水を戻す方策などについて合意するまでは、この区間の調査を行わないよう求める文書をＪＲ東海に送った。しかし、この対応について山梨県知事は苦言を呈した。
（山梨県 長崎知事）
「我々としては山梨県内活動について、いかなる県であっても頭越しに何かをおしゃっていただくのは願わくば遠慮願いたい」
１５日の会見で、今回の対応について問われた川勝知事は…。
Ｑ：山梨県に対して礼節を欠いているという自覚は？
（川勝知事）
「もちろん、礼節を欠いているという自覚はあります」
こう述べた上で、山梨県への連絡が遅れた理由については、「１月に出した文書と同じ内容だったから」と答えた。
（川勝知事）
「事務局としては、すでに山梨県の方に、よくご存じの内容というふうに即断した、いずれにしてもこういう重要案件につきましては、十分に調整する時間をとれるようにしたい」
また、今後は山梨県と「連携していきたい」と話し、県の専門部会への参加を促した。
（川勝知事）
「文書の中身は、専門部会、有識者会議で議論していることを踏まえて言っている、ボーリングは山梨県で行われているので、山梨県の方がお越しいただくのは大歓迎」
