JR西日本が12月15日に発表した運行ダイヤでは、敦賀駅で乗り換えになる特急「サンダーバード」「しらさぎ」は全て、北陸エリア内を運行する新幹線「つるぎ」と20分以内で接続する。福井―大阪間の平均所要時間は1時間52分、福井―名古屋間（米原からは東海道新幹線利用）の平均時間は1時間42分で、現行平均より2～3分短縮される。
敦賀開業後は、サンダーバードが敦賀―大阪間を1日25往復、しらさぎは敦賀―米原・名古屋間を15往復する。サンダーバードは、利用が多いと見込まれる朝夕の時間帯に1時間に2往復、しらさぎはおおむね1時間に1往復する。両特急とも自由席を廃止し、全席指定席に切り替える。
新幹線との接続時間は8～19分。敦賀発着の特急80本のうち34本が8分で最も多い。続いて12分が20本。最も長い19分は、午前7時51分名古屋発敦賀行きのしらさぎ1本で、平均接続時間は約10分になる。
特急がかがやきではなく、全てつるぎと接続することについて、JR西日本金沢支社の漆原健支社長は「強風などで特急の敦賀着が遅れた場合でも、つるぎを敦賀駅で待機させることができる」と説明した。
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大阪方面の始発列車は、金沢発つるぎが福井を午前6時36分に出発し、同7時5分の敦賀発サンダーバードに接続する。大阪着は同8時34分。大阪発敦賀行きの最終列車は午後8時54分発で、敦賀着は同10時16分。
敦賀発名古屋行きしらさぎの始発は午前7時11分で、同8時51分に名古屋に到着する。敦賀行きの最終列車は、午後10時20分敦賀着。
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敦賀駅は3階建てで1階に在来線特急、3階に新幹線が乗り入れるため、乗り換えは上下移動することになる。JR西は乗り換えに必要な時間を8分としている。
