JR東日本の運行情報によると、1月1日に発生した地震の影響で3日、JR越後線が越後赤塚－関屋の上下線で終日運転を見合わせる。内野－新潟大学前の線路脇で陥没が見つかったためで、運転再開は1月6日昼ごろを目指すとしている。
1月3日は柏崎－越後赤塚、関屋－新潟で折り返し運転する。バスなどによる代行輸送は行わないとしている。この影響で、白新線や信越線など他の路線でも運休が発生する恐れがあるとしている。
弥彦線は弥彦－東三条で運休や遅れが発生するとしている。
また、JR西日本の運行情報によると、JR大糸線は少なくとも1月7日まで、南小谷（長野県）－糸魚川で終日運転を見合わせる。地震で線路設備に被害が出たためで、代行輸送は行わない。
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