国土交通省が公表した管制と事故機のやりとりは次の通り。（実際の交信は英語）
1月2日午後5時43分2秒 日航516便（JAL516） 東京タワー、JAL516。スポット18番です
管制（東京タワー） JAL516、東京タワー。こんばんは。滑走路34R（C滑走路）に進入を継続してください。風320度7ノット。出発機があります
43分12秒 日航516便 JAL516、滑走路34Rに進入を継続します
44分56秒 管制 JAL516、滑走路34R着陸支障なし。風310度8ノット
45分1秒 日航516便 滑走路34R着陸支障なし、JAL516
45分11秒 海保機（JA722A） タワー、JA722A、C誘導路上です
管制 JA722A、東京タワー、こんばんは。1番目。C5上の滑走路停止位置まで地上走行してください
45分19秒 海保機 滑走路停止位置C5に向かいます。1番目。ありがとう
