小林製薬（大阪市）の紅こうじ原料を使用した企業が、商品の自主回収や製造停止を余儀なくされるなど苦境に立たされている。原料を使用する173社などから健康被害の報告はなかったが、企業側は紅こうじ自体に対する風評被害対応に苦慮。公表が遅れた小林製薬の姿勢に不満も上がる。
健康食品の製造、販売を手がける「ZERO PLUS」（福岡市）は、小林製薬の原料を使用した新商品のせんべいを3月に発売したが、直後に一連の問題が発覚。市場に出たほとんどの商品を自主回収した。
小林製薬は1月に健康被害を把握しており、担当者は「もう少し早く情報共有してくれていれば、発売前に対応することができた」と、公表の遅さに苦言を呈する。
伝統食品にも影響が出ている。沖縄の発酵食品「豆腐よう」をつくる「海洋食品」（沖縄県浦添市）も、小林製薬の原料を使用しており生産を取りやめた。
別の紅こうじを使えば最低3～4カ月で再販できるが、消費者からは紅こうじ自体を懸念する声も聞かれ、再販のめどは立っていない。
