天皇杯 JFA 第104回全日本サッカー選手権大会に出場する各都道府県代表チームが出揃った。
全国各地で行われた都道府県選手権大会（代表決定戦）には、J3リーグのクラブも出場。2024明治安田J3リーグで首位を独走する大宮アルディージャは、東京国際大学FCを相手に苦戦を強いられたものの、延長後半アディショナルタイム3分に清水祐輔が直接フリーキックを決めて先制点をマーク。意地を見せた大宮が本戦への出場権を手に入れた。
長野県決勝は、松本山雅FCとAC長野パルセイロによる“信州ダービー”に。15分に浅川隼人のゴールで松本が先制したものの、後半アディショナルタイム2分に忽那喬司のゴールで長野が試合を振り出しに戻す。延長戦でも決着がつかず、PK戦を4－3で制した長野が宿敵を破った。
FC琉球は沖縄SVに0－1で敗れて県予選敗退となった。一方、SC相模原は桐蔭横浜大学を5－0で下し、福島ユナイテッドFCはFCプリメーロ福島を7－0で撃破。石川県ではツエーゲン金沢が金沢星稜大学に、愛媛県ではFC今治がレベニロッソNCに、それぞれ6－1の大勝を収めた。
その他、ヴァンラーレ八戸、いわてグルージャ盛岡、カターレ富山、アスルクラロ沼津、奈良クラブ、ガイナーレ鳥取、ギラヴァンツ北九州、テゲバジャーロ宮崎らのJ3リーグ勢も、順当に各県大会を制して天皇杯への切符を掴んだ。
天皇杯1回戦・2回戦の組み合わせは以下の通り。
■天皇杯1回戦（5月25日〜26日）
【01】カターレ富山（富山県） vs 関西大学（大阪府）
【02】いわてグルージャ盛岡（岩手県） vs 北海道十勝スカイアース（北海道）
【03】筑波大学（茨城県） vs 明治大学（アマチュアシード）
【04】FC徳島（徳島県） vs ジェイリースFC（大分県）
【05】鹿屋体育大学（鹿児島県） vs ギラヴァンツ北九州（福岡県）
【06】三菱水島FC（岡山県） vs カマタマーレ讃岐（香川県）
【07】奈良クラブ（奈良県） vs 京都産業大学（京都府）
【08】高知ユナイテッドSC（高知県） vs ベルガロッソいわみ（島根県）
【09】ヴァンラーレ八戸（青森県） vs ブリオベッカ浦安（千葉県）
【10】アルテリーヴォ和歌山（和歌山県） vs JAPANサッカーカレッジ（新潟県）
【11】福井ユナイテッドFC（福井県） vs 大宮アルディージャ（埼玉県）
【12】東海大学熊本（熊本県） vs 三菱重工長崎SC（長崎県）
【13】FC岐阜（岐阜県） vs アスルクラロ沼津（静岡県）
【14】福島ユナイテッドFC vs 大山サッカークラブ（山形県）
【15】テゲバジャーロ宮崎（宮崎県） vs 川副クラブ（佐賀県）
【16】ソニー仙台FC（宮城県） vs tonan前橋（群馬県）
【17】ヴィアティン三重（三重県） vs FC今治（愛媛県）
【18】びわこ成蹊スポーツ大学（滋賀県） vs 中京大学（愛知県）
【19】ガイナーレ鳥取（鳥取県） vs FCバレイン下関（山口県）
【20】ツエーゲン金沢（石川県） vs 甲南大学（兵庫県）
【21】AC長野パルセイロ（長野県） vs 猿田興業（秋田県）
【22】福山シティFC（広島県） vs 沖縄SV（沖縄県）
【23】栃木シティFC（栃木県） vs 横河武蔵野FC（東京都）
【24】SC相模原（神奈川県） vs 山梨学院大学PEGASUS（山梨県）
■天皇杯2回戦（6月12日）
【25】ヴィッセル神戸（J1） vs 【01】の勝者
【26】徳島ヴォルティス（J2） vs ベガルタ仙台（J2）
【27】柏レイソル（J1） vs 【02】の勝者
【28】FC町田ゼルビア（J1） vs 【03】の勝者
【29】セレッソ大阪（J1） vs 【04】の勝者
【30】ヴァンフォーレ甲府（J2） vs Honda FC（アマチュアシード）
【31】アルビレックス新潟（J1） vs 【05】の勝者
【32】V・ファーレン長崎（J2） vs 【06】の勝者
【33】鹿島アントラーズ（J1） vs 【07】の勝者
【34】藤枝MYFC（J2） vs 栃木SC（J2）
【35】サガン鳥栖（J1） vs 【08】の勝者
【36】横浜FC（J2） vs 【09】の勝者
【37】名古屋グランパス（J1） vs 【10】の勝者
【38】ザスパ群馬（J2） vs レノファ山口FC（J2）
【39】京都サンガF.C.（J1） vs 【11】の勝者
【40】清水エスパルス（J2） vs 【12】の勝者
【41】横浜F・マリノス（J1） vs 【13】の勝者
【42】ロアッソ熊本（J2） vs 水戸ホーリーホック（J2）
【43】ガンバ大阪（J1） vs 【14】の勝者
【44】ジュビロ磐田（J1） vs 【15】の勝者
【45】川崎フロンターレ（J1） vs 【16】の勝者
【46】大分トリニータ（J2） vs 鹿児島ユナイテッドFC（J2）
【47】FC東京（J1） vs 【17】の勝者
【48】ジェフユナイテッド千葉（J2） vs 【18】の勝者
【49】サンフレッチェ広島（J1） vs 【19】の勝者
【50】ブラウブリッツ秋田（J2） vs いわきFC（J2）
【51】湘南ベルマーレ（J1） vs 【20】の勝者
【52】東京ヴェルディ（J1） vs 【21】の勝者
【53】アビスパ福岡（J1） vs 【22】の勝者
【54】ファジアーノ岡山（J2） vs 愛媛FC（J2）
【55】北海道コンサドーレ札幌（J1） vs 【23】の勝者
【56】モンテディオ山形（J2） sv 【24】の勝者
