第104回天皇杯は6月12日（水）、2回戦が各地で行われた。
ここからJ1・J2勢が登場。結果は以下の通りとなった。
ヴィッセル神戸 2-0 カターレ富山
徳島ヴォルティス 1-0 ベガルタ仙台
柏レイソル 2-0 いわてグルージャ盛岡
FC町田ゼルビア 1-1(PK2-4) 筑波大学
セレッソ大阪 3-1 ジェイリースFC
ヴァンフォーレ甲府 2-0 Honda FC
アルビレックス新潟 4-4(PK3-1) ギラヴァンツ北九州
V・ファーレン長崎 3-2 カマタマーレ讃岐
鹿島アントラーズ 2-1 奈良クラブ
藤枝MYFC 2-0 栃木SC
サガン鳥栖 2-1 高知ユナイテッドSC
横浜FC 2-1 ヴァンラーレ八戸
名古屋グランパス 0-1 JAPANサッカーカレッジ
ザスパ群馬 1-1(PK2-3) レノファ山口FC
京都サンガF.C. 2-0 大宮アルディージャ
清水エスパルス 9-0 三菱重工長崎SC
横浜F・マリノス 2-2(PK5-4) FC岐阜
ロアッソ熊本 1-2 水戸ホーリーホック
ガンバ大阪 3-0 福島ユナイテッドFC
ジュビロ磐田 1-2 テゲバジャーロ宮崎
川崎フロンターレ 2-0 ソニー仙台FC
大分トリニータ 1-0 鹿児島ユナイテッドFC
FC東京 3-0 ヴィアティン三重
ジェフユナイテッド千葉 2-1 中京大学
サンフレッチェ広島 11-2 FCバレイン下関
ブラウブリッツ秋田 0-2 いわきFC
湘南ベルマーレ 3-1 甲南大学
東京ヴェルディ 5-0 AC長野パルセイロ
アビスパ福岡 8-0 福山シティFC
ファジアーノ岡山 1-7 愛媛FC
北海道コンサドーレ札幌 3-1 栃木シティ
モンテディオ山形 3-2 SC相模原
J1勢では、首位を走るFC町田ゼルビアがホームで筑波大にPK戦の末敗れ、衝撃の初戦敗退。「BS劇場」の餌食となった。
他にも、名古屋グランパスが同じくホームで北信越リーグのJAPANサッカーカレッジにまさかの敗戦。
さらに、ジュビロ磐田もJ3のテゲバジャーロ宮崎にホームで敗れている。
この結果、7月10日（水）に行われる3回戦の対戦カードは以下のように決まった。
ヴィッセル神戸 vs 徳島ヴォルティス
柏レイソル vs 筑波大
セレッソ大阪 vs ヴァンフォーレ甲府
アルビレックス新潟 vs V・ファーレン長崎
鹿島アントラーズ vs 藤枝MYFC
サガン鳥栖 vs 横浜FC
JAPANサッカーカレッジ vs レノファ山口FC
京都サンガF.C. vs 清水エスパルス
横浜F・マリノス vs 水戸ホーリーホック
ガンバ大阪 vs テゲバジャーロ宮崎
川崎フロンターレ vs 大分トリニータ
FC東京 vs ジェフユナイテッド千葉
サンフレッチェ広島 vs いわきFC
湘南ベルマーレ vs 東京ヴェルディ
アビスパ福岡 vs 愛媛FC
北海道コンサドーレ札幌 vs モンテディオ山形
この夏、Jリーグにやって来るかもしれない外国人選手たち（2024年版）
筑波大の次なる相手はJ1の柏レイソルに。JAPANサッカーカレッジはJ2のレノファ山口FCに挑む。
