九州新幹線長崎ルートの新鳥栖－武雄温泉間の整備方法について、与党検討委員会は全線フル規格とミニ新幹線の二択に絞った。長崎県や長崎県内の沿線市は全線フルを要望するが、実現するとこの区間は並行在来線とみなされ、ＪＲ佐世保線（佐世保－肥前山口）の一部が含まれる。佐世保市は、ＪＲ九州が並行在来線の経営を分離すれば、博多まで直通する佐世保線の特急「みどり」の運行がなくなる可能性があると懸念。並行在来線の問題は佐賀県も不安視しており、今後、議論が活発化しそうだ。
佐世保市は４月下旬、長崎ルートの整備方法で、全線フルとミニ新幹線がそれぞれ佐世保線に与える懸念をまとめた資料を佐世保市議会特別委員会に配布した。資料には全線フルの場合、「武雄温泉－新鳥栖が並行在来線になると想定される。経営がＪＲ九州から分離された場合、みどりの運行が維持されない可能性がある」と記載。どちらの整備方法でも特急が武雄温泉で乗り換えとなったり、減便したりする可能性があると指摘した。佐世保市議からは先行きを心配する声が出た。
国土交通省は並行在来線を「整備新幹線区間を並行する形で運行する在来線鉄道」と定義。ＪＲが新幹線に加え、並行在来線を経営することは過重な負担となる場合があり、沿線全ての道府県と市町村から同意を得た上で新幹線開業時に経営分離できるとする。
ＪＲ九州は取材に対し、新鳥栖－武雄温泉間の並行在来線問題は「課題として認識している」。しかし、国が新幹線の整備方法を決定していないため、「佐世保線への影響は全く検討しておらず、回答する材料がない」としている。
