大型で強い台風２５号は６日朝に長崎県内に最接近する見通し。長崎地方気象台によると、同日午後６時までの２４時間予想雨量は、いずれも多い所で壱岐・対馬２００ミリ、五島１５０ミリ、南部、北部で１２０ミリ。同気象台は暴風とうねりを伴った高波、土砂災害、河川の増水や氾濫に警戒するよう呼び掛けている。
長崎県は５日、長崎県災害警戒本部を設置した。同本部によると、５日午後９時現在、長崎県内１６市町で計２１８カ所の避難所が開設され、９３８世帯１１１５人が自主避難している。
台風の影響で、鉄道はＪＲ九州が６日の始発から長崎－博多の特急上下６本の運休を決定した。同日の長崎線、佐世保線、大村線は始発から本数を減らして運行する。松浦鉄道（ＭＲ）は始発から運転を見合わせる。バスは、西肥バスが上五島と平戸島の路線バスを始発から運転を見合わせる。
空の便は５日、全日空（ＡＮＡ）が長崎－那覇１往復２便、オリエンタルエアブリッジ（ＯＲＣ）が長崎－対馬など４便を台風の影響で欠航。６日はＯＲＣが午前中の全便を、ジェットスター・ジャパンが長崎空港発着の全便を欠航する。
海の便も５日、本土と離島を結ぶ高速船、フェリーなどに欠航が相次いだ。九州商船と島鉄フェリーなどは６日、本土と離島や島原と熊本を結ぶ便など多くの便を欠航する。
