2020年3月時点、JR貨物の機関区は国内に19区、車両所は7区、総合鉄道部は10区ある。
JR貨物が保有する機関車・電車は、電気機関車が410両、ディーゼル機関車が143両、貨物電車（スーパーレールカーゴ）42両。
こうした車両がいるJR貨物 機関区は（北から）札幌機関区、五稜郭機関区、東新潟機関区、黒磯機関区、高崎機関区、隅田川機関区、千葉機関区、新鶴見機関区、大井機関区、塩尻機関区、富山機関区、愛知機関区、稲沢機関区、敦賀機関区、吹田機関区、岡山機関区、広島機関区、幡生機関区、門司機関区の19区。
車両所は（北から）苗穂車両所、輪西車両所、郡山車両所、大宮車両所、川崎車両所、広島車両所、小倉車両所の7区。
総合鉄道部は（北から）青森総合鉄道部、郡山総合鉄道部、秋田総合鉄道部、盛岡総合鉄道部、仙台総合鉄道部、静岡総合鉄道部、新南陽総合鉄道部、福岡総合鉄道部、大分総合鉄道部、鳥栖総合鉄道部の10区。
機関区は、「電気機関車、ディーゼル機関車、気動車等の運用（列車への上記車両の割当て、操配）、検査、修繕を行い、またそれらを運転する乗務員の管理を行う現業機関」（小学館 日本大百科全書）。
