スカイマークは6月25日、新型コロナウイルスの感染拡大を受け、7月1日から16日までの国内線で運休や減便を行うことを発表した。
対象路線は、東京/羽田〜札幌/千歳・神戸・長崎（神戸経由）・福岡・鹿児島・沖縄/那覇線、茨城～札幌/千歳・神戸線、名古屋/中部～札幌/千歳・東京/成田・鹿児島・沖縄/那覇線、神戸～札幌/千歳・長崎・鹿児島・沖縄/那覇線、鹿児島〜奄美線。経由便を除く16路線、740便が減便となる。
これにより、期間中の運航便は20路線1,780便、運休・減便率は29.4％となり、5月1日～31日の85.8％、6月1日～30日の60.6％と比べると、大幅に回復している。
運休便の利用者には全額払い戻しや振り替え、減便対象便は前後便へ振り替え、希望により別便への変更や払い戻しを案内する。
