100年に1度しか使えない愛称の「ひのくに新世紀総体」。地元インターハイ（長崎ゆめ総体）を2年後に控えた県勢は、21世紀最初の大会で団体、個人合わせて優勝2、準優勝3、3位2という好成績を残した。
団体優勝はハンドボール男子の瓊浦と相撲の諫早農。県勢初の日本一に輝いた瓊浦はエース岩永生を筆頭に、小川直宏、志水孝行、濱口裕樹、野口龍弥、船木浩斗らが実力通りの力を発揮。春の全国高校選抜大会決勝で敗れた大分国際情報に、夏の決勝で雪辱した。部を発足させてから25年目の新井善文監督は「本当に素直で自立した子供たち。こんな高校生が勝てなかったらうそでしょう。素晴らしい選手たち」と目を潤ませた。
諫早農は2年連続2度目の優勝を飾った。前年から主力の下田圭将、北園基嗣、布田慎吾の3本柱を軸に、春の全国新人選手権との2冠を達成。下田は個人も準優勝した。山本公男監督は「連覇にこだわっていなかったが、やっぱりうれしい」と喜びを表現した。
体操女子団体総合の西海学園は銀メダルをつかんだ。県勢としては49年ぶりとなる表彰台。個人総合で5位入賞した椋本啓子、7位の萩山瞳の両エースを軸に、高得点を連発した。
バレーボール女子の九州文化学園は、3月の春高バレーに続いての準優勝。決勝は栗原恵を擁する三田尻女（山口）に1-3で敗れたが、岩永智美、山田宏美らを中心に粘り強く勝ち上がった。
このほか、競泳女子200メートル背泳ぎの安部智絵（九州文化学園）、登山女子団体の長崎北陽台が銅メダルを獲得した。
