沖縄県内の新型コロナウイルス感染者のうち、感染力の強い変異株N501Yの陽性率が4月末以降、5割を超えて推移している。検査機関から報告を受けた県が発表した、7日間ごとの推移によると、4月26日～5月2日は56.25％で、5月3日以降（暫定値）の陽性率も59.52％と上昇を続けている。 糸数公医療技監は5日の記者発表で、県内で感染者が減少する速度が鈍化している状況を指摘。「詳細まで分析できていない」としながらも「行動抑制、時短営業の要請をしても感染者が増えるということでは（感染力が高い）変異株（が要因）と若干は言える」と説明した。
県発表の3月末以降の陽性率は、3月29～4月4日は6.86％だったが、感染者数が3桁の日があった4月5～11日は23.02％と急増した。同12～18日は26.03％、同19～25日は38.25％と増加を続けた。
変異株に県が強い警戒感を示す中、4月末には宮古島市における感染者の変異株陽性率が95％と急増した。また、八重山保健所管内でも変異株が初確認されるなど、離島にも拡大した。
