日本政府は9月17日、新たな水際措置を発表した。
新型コロナウイルスの変異株である、いわゆるベータ株、カンマ株、デルタ株、イータ株、イオタ株、カッパ株、ラムダ株、ミュー株の8種類を「水際対策上特に対応すべき変異株に指定する。
また、44か国・地域を「水際対策上特に対応すべき変異株に対する指定国・地域」に指定し、これらの地域から帰国・入国するすべての人に、検疫所長が指定する宿泊施設で3日間の待機を求める。指定された国・地域は、アフガニスタン、アラブ首長国連邦（UAE）、アルゼンチン、インド、インドネシア、ウルグアイ、イギリス、エクアドル、カザフスタン、キューバ、ギリシャ、キルギス、コスタリカ、コロンビア、ザンビア、ジョージア、スペイン、スリナム、スリランカ、セーシェル、タンザニア、チリ、デンマーク、ドミニカ共和国、トリニダード・トバゴ、トルコ、ネパール、パキスタン、パラグアイ、バングラデシュ、フィリピン、ブラジル、ベネズエラ、ペルー、ベルギー、ボリビア、ポルトガル、マレーシア、南アフリカ、ミャンマー、モザンビーク、モルディブ、リビア、ロシア（モスクワ市）。
さらに、2か国・地域を「水際対策上特に対応すべき変異株以外の新型コロナウイルスに対する指定国・地域」に指定し、これらの地域から帰国・入国するすべての人に、検疫所長が指定する宿泊施設で3日間の待機を求める。指定された国・地域は、ウズベキスタンとロシア（ハバロフスク地方）。
これにより、10日間と6日間の宿泊施設での待機対象となる国や地域はなくなった。これらの措置は、9月20日から実施する。
