政府は6月1日から、各国・地域での新型コロナウイルスの流行状況や、日本への流入状況などのリスク評価やワクチンの有効性を踏まえて3つのグループに分け、水際措置を大きく緩和する。
最もリスクが低い「青」区分の国・地域（98か国・地域）からの帰国・入国者には、3回目のワクチン接種の有無に関わらず、入国時検査や入国後の自宅などでの待機を求めない。
「黄」区分の国・地域（99か国・地域）からの帰国・入国者には、入国時検査を実施した上で、原則として7日間の自宅などでの待機を求める。入国後3日目以降に自主的に受けた検査結果が陰性であれば、以降の待機を求めない。3回目のワクチン接種者は、入国時検査を実施せず、入国後の自宅などでの待機を求めない。
「赤」区分の国・地域（4か国・地域）からの帰国・入国者には、入国時検査を実施した上で、検疫所の確保する宿泊施設での3日間の待機を求める。宿泊施設で受けた検査で陰性であれば、退所後の自宅などでの待機を求めない。3回目のワクチン接種者は、入国時検査を実施した上で、原則として7日間の自宅などでの待機を求める。入国後3日目以降に自主的に受けた検査結果が陰性であれば、以降の待機を求めない。
いずれも、出国前検査は引き続き求める。入国時検査の対象者を流入リスクに応じて分類することで、空港での待ち時間を短縮でき、スムーズな入国ができるとしている。これにより、8割以上の入国者には入国時検査と待機を求めないこととなる。
