2024年度の統合を目指している東京工業大学と東京医科歯科大学が、新大学の名称を「東京科学大学（仮称）」と決めた。略称は科学大とする。英語表記は「Institute of Science Tokyo」で、略称は現在調整中。国立大学が統合により新たな名称で再スタートするのは、2003年に東京水産大学と東京商船大学が統合して東京海洋大学が生まれて以来になる。
東京工業大学によると、両校は2022年11～12月に学内外から新大学の名称を広く募集した。その結果、6,000件を超す提案が集まり、統合準備委員会の下に設けた名称検討ワーキンググループで提案を参考にして議論し、最終決定した。
新名称は学校名の先頭に「東京」という地名を入れ、東京に本拠を置く大学であることを強調するとともに、新大学が科学の発展を担って活力ある未来を切り開こうとしていることを念頭に置き、「科学」という言葉を入れた。「科学」には両大学の専門分野や未知の領域だけでなく人文科学・社会科学的視点も含めている。また、科学を文化として認識してもらう努力を積み重ねて社会からの理解と期待を得ていくために、親しみやすく覚えやすいという点も考慮したという。
なお、現時点では仮称であり、名称決定には大学設置・学校法人審議会における手続きや、国立大学法人法の改正（国会審議）が必要となる。
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