大雨の影響で運転を見合わせていた東海道新幹線の東京―名古屋間の運転は6月3日正午ごろ、上下線ともに再開した。JR東海によると、約22時間ぶりに全線が復旧し、ほぼ通常通りのダイヤに戻る。
また同社は2日から3日にかけ、東京、名古屋、新大阪の各駅に、足止めされた乗客らのために車両を宿泊用として開放。計約5300人が利用した。
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JR西日本は、3日の始発から午後3時ごろまで、山陽新幹線と東海道新幹線との直通運転を中止すると発表。新大阪―博多間は始発から本数を減らして運行した。
東海道新幹線6月3日の運転計画
（6/3 12:20現在） ・12時台に臨時「のぞみ号」（普通車全車自由席）の運転を計画 ・のぞみ31号（博多行き）東京12:12発から、のぞみ26号（東京行き）博多11:35発から直通運転を再開
（6/3 8:50現在）
■東京駅発
・12:09発 のぞみ355号
・12:18発 のぞみ357号
・12:21発 のぞみ359号
・12:24発 のぞみ361号
・12:42発 のぞみ365号
■新大阪駅発
・12:09発 のぞみ360号
・12:21発 のぞみ362号
・12:24発 のぞみ364号
・12:33発 のぞみ366号
・12:39発 のぞみ368号
【「こだま号」（名古屋駅～新大阪駅間）】 ・こだま335号（名古屋10:43発、岐阜羽島10:58発、米原11:16発、京都11:34着、新大阪11:51着） ・こだま339号（名古屋11:43発、岐阜羽島11:58発、米原12:16発、京都12:34着、新大阪12:51着） ・こだま343号（名古屋12:43発、岐阜羽島12:58発、米原13:16発、京都13:34着、新大阪13:51着）
