岸田文雄首相は2日、斉藤鉄夫国土交通相と官邸で会い、羽田空港での日航機炎上について原因究明をしっかり行い、羽田空港の運用に関し万全を期すよう求めた。斉藤氏は終了後、記者団に「現場保全の要請もあるが、できるだけ早い羽田空港の運用再開を目指したい」と述べた。官邸は、官邸危機管理センターに情報連絡室を設置した。
これに先立ち、首相官邸は首相指示を発表。（1）関係省庁が連携して救助に全力を尽くす（2）早急に被害状況を把握して国民へ適切に情報提供―との内容だった。
この首相指示を巡り、官邸は救助に関する部分を削除し、被害状況の把握などだけを求める内容に差し替えた。その後、間を置かず元の内容へ再び差し替えると発表した。乗客乗員らの安否情報に関し、官邸内で混乱が起きた可能性がある。
