JR東日本の運行情報によると、1月1日に発生した能登半島地震の影響で5日、JR越後線が越後赤塚－関屋の上下線で終日運転を見合わせる。内野－新潟大学前の線路脇で陥没が見つかったため。JR東日本は、1月6日午後1時ごろに運転を再開するとしている。
越後線は1月5日、柏崎－越後赤塚、関屋－新潟で折り返し運転する。バスなどによる代行輸送は行わないとしている。6日の運転再開後は、内野－新潟大学前は当面の間、速度を落として運転するため、列車に遅れが発生するとしている。
また、JR西日本の運行情報によると、JR大糸線は1月5日、南小谷（長野県）－糸魚川で終日運転を取りやめる。運転の取りやめは地震で被害が出た線路設備の復旧工事を行うため。
運転再開は6日の予定で、南小谷午後2時43分発・糸魚川行き、糸魚川午後3時13分発・南小谷行きの列車から運行する予定。
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