JR西日本によると6月3日午前6時31分、石川県能登地方で最大震度5強の地震が発生した影響で北陸新幹線の高崎駅（群馬県）ー越前たけふ駅（福井県越前市）間で停電が発生。このため一時運転を見合わせたが午前6時50分に通常速度で運転を再開した。この影響で北陸新幹線の列車に約10～20分の遅れが出ている。⇒石川県能登で震度5強、各地の震度一覧
同日午前7時半現在、敦賀発大阪行きの特急サンダーバード2本、敦賀発名古屋行きの特急しらさぎ1本に20分程度の遅れが出ている。
北陸線（近江塩津－敦賀）、小浜線は通常通り運転している。えちぜん鉄道は勝山永平寺線、三国芦原線ともに10分程度の遅れが発生、ハピラインふくいは敦賀駅ー芦原温泉駅間の一部列車に遅れが出ている。
