新型コロナウイルスの集団感染で出場を辞退した宮崎商に続き、東北学院（宮城）も出場辞退となった。１７日の午後６時１０分ごろに学校長から日本高野連の小倉事務局長に連絡が入り、辞退の申し入れがあった。
東北学院は選手１人が陽性、４人の濃厚接触者が確認され、大会本部は個別感染についてはＰＣＲ検査をしながら参加を容認する方向でいた。しかし、学校側から「試合に出場することによって当事者が特定される恐れがあり、生徒の将来に影響を及ぼす可能性がある」と理由を説明され、意向を尊重して受理したという。
東北学院は１回戦で愛工大名電に勝利し、２回戦で松商学園（長野）と対戦予定だったが、不戦敗となった。渡辺徹監督は「感染対策は十分にやっていたつもりでしたが、結果的に選手を守れず大変申し訳なく思います。最後に辞退という形で終わることになり、非常に残念ですが、選手たちが協力して良いチームを作ってくれたことは、大変誇りに思います」とコメントした。
５日間もの雨天延期とコロナ禍による代表校の相次ぐ辞退。かつてない運営危機に見舞われている今大会だが、日本高野連の八田英二会長は「選手、関係者の心中をお察しいたします。２校が辞退することになり、残念です」としながらも「新たに大きな感染事例が起きたわけではなく、大きな感染が起きないよう感染対策をして続ける」と大会継続に意欲を見せた。
