長崎県内では13日明け方から朝にかけて濃霧が発生、長崎地方気象台は県内全域に濃霧注意報を発表した。各地で視界が悪化し、一部交通機関に乱れが出た。
同気象台によると、海上を中心に湿った空気が冷やされ、大気中の水蒸気が固まって起きた。長崎市では、車のライトを付けて慎重に運転するドライバーの姿などが見られた。
空の便では、オリエンタルエアブリッジ（ORC）の計5便が30分～1時間20分遅れた。海の便では、長崎と熊本を結ぶ有明フェリーの8便が欠航し、修学旅行生計247人に影響が出た。高速道路は夜中から朝にかけて一部区間で50キロの速度制限となった。
