JR西日本によると9月5日午後4時20分ごろから、北陸新幹線は長野ー富山駅間で運転を見合わせた。糸魚川駅（新潟県糸魚川市）ー黒部宇奈月温泉駅（富山県黒部市）間に設置している雨量計が規制値に達したため。同日午後6時に運転を再開した。
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気象庁は、新潟県糸魚川市青海付近で同日午後4時までの1時間に約120ミリの雨が降ったとして記録的短時間大雨情報を発表。富山地方気象台は、5日夜のはじめごろにかけて低い土地の浸水、河川の増水や氾濫に警戒するよう呼び掛けている。
